Museum ini ditemukan oleh seorang berkewarganegaraan Belanda, Eugene Dubois. Fosil yang paling populer yang pernah ditemukan di Ngawi, yaitu Pithecanthropus Erectus, ada di museum bersejarah ini.
Disamping manusia purba didalam museum sendiri juga banyak ditemukan berbagai macam fosil binatang purba, yang paling terkenal adalang ditemukan gading gajah purba.